以阵练兵思想
在军队建设方面，茅元仪强调军事训练，讲究研习阵法。茅元仪认为，“言武备者，练为最要”，“兵之有练，圣人之六艺也。阵而不练，则土偶之须眉耳”。他指出，“士不练，则不可以阵，不可以攻，不可以守，不可营，不可战，不可以专水火之利；有马而不可驰，有饷而徒以饱；天时地利，不能以先人；为略为法，不可以强施。然则言武备者，练为最要矣”。要使训练能收到预期的效果，必须要以良好的兵员素质为基础，没有经过严格挑选的士兵，便不能训练成劲旅。因此，茅元仪说“选即所以练也”。兵员的选拔条件要视需要而定，车、步、骑、轻重兵和水兵的要求不同，其选拔条件也要有相应的差异，不可一概而论。不同兵种的士兵，要“分材而授之器”，以便进行有针对性的训练。训练时要注重实战的需要，不要采用华而不实的“花法”。茅元仪关于强调军事训练和注重兵员选拔的思想，实际上是对戚继光关于练兵、选卒、教战、用器思想的继承和发展，对于纠正当时轻视军队训练和不注重兵员选拔的种种弊端，起到了重要的作用。
茅元仪在《阵练制》中揭示了阵法的本质，提倡以阵练兵。茅元仪认为阵法是兵民合一的产物。阵法发端于井田制度，与农业生产密切相关，因为土地有不同的形状，军队的组编和训练，就有方、网、曲、直、锐诸种阵法，也就是“量地制阵，而方、圆、曲、直、锐之形别焉”。同时，茅元仪把唐宋以来的阵法逐一加以编辑，说明各种阵法要领，以增长学习者的见识。同时，他还提出：“考数百年之兵战，用阵法而胜者多，不用阵法而胜者少。凡不用阵法而胜者，皆出于彼此浪战，均无法制。其间有以勇而遇弱者，以众而遇寡者，以治而遇乱者，以和睦而遇怨离者耳。乌可执一而废百，指其幸者，以为常哉，由兵事者盖深思之。”强调数百年来作战依靠阵法胜利者多，不能因为偶尔在混战中取胜就习以为常，忽略阵法的重要性。茅元仪也特别收录了明代著名将领戚继光的鸾鸯阵，俞大猷、赵本学的相关阵法理论，以及曾统《拟逐套虏》的八套阵型图，这些都是在实战基础上总结出来的阵型、阵法理论和阵图，有很高的实用价值。