王莽统治末年，天下大乱，英雄四起，豪杰倍出。许多人跟随光武帝刘秀南征北战，东击西讨，为东汉的建立立下了汗马功劳。刘秀平定天下以后，为褒奖这些人的佐定元功，将他们分封为侯。刘秀的儿子刘庄继位后，为了让后世记住这些建汉功臣们的业绩，特旨在南宫云台，绘出有殊功元勋32人的图像，悬挂宫中，昭示后人。其中有28位能征善战的大将，史称“云台二十八将”，刘秀的同窗好友、争夺天下的得力助手、曾一度出任大司徒的邓禹便列为二十八将之首，被誉为“中兴元勋”。
一
邓禹，字仲华，南阳新野(今河南新野)人，元始二年(2)出生于一个世代为商、十分富裕的家中。邓禹的父亲希望他能继承家业，在他很小的时候就教他写写算算，识别商品好坏。但邓禹从小有大志，对经商却丝毫不感兴趣。他喜好读书，在13岁时就能诵诗。父亲见他无意于商，便将他送到京师长安求学。当时刘秀也在长安，跟中大夫许子威学习《尚书》，邓禹虽然不满20岁，但一见到刘秀，就认为刘秀不是等闲之辈，于是就主动结交刘秀，二人脾气相投，又是同乡，成为好友。在一起呆了几年后，各自回家，一直没有再见面。
王莽统治的新朝末年，天下大乱。由于连年灾荒，百姓纷纷揭竿而起，在全国各地的农民起义中，逐渐形成两支强大的队伍。一支是新市人(今湖北京山)王匡、王凤兄弟领导的绿林军，另一支是琅玡(今山东诸城)人樊崇领导的赤眉军。地皇三年(22)，刘秀与长兄刘縯组织了一支七八千人的“舂陵兵”在南阳起兵，与新市、平林(今湖北随县)的绿林军会合在一起。刘秀族兄刘玄也只身投靠了绿林军。为了使起义队伍顺应人心、具有号召力，也为了有统一的领导，绿林军利用人们对王莽篡汉不满的心理，决定以复汉为名，立宗室刘姓的人为帝，选中了生性懦弱的刘玄。地皇四年，绿林军在淯水之滨的沙滩上临时搭了个台子当作坛，将刘玄拥上坛台称帝。
在豪杰蜂起之时，20刚出头的邓禹审时度势，没有急于参加起义军。刘玄称帝后，绿林军强盛一时，攻占昆阳(今河南叶县)、定陵(今河南舞阳)等地，还占据了邓禹的家乡新野。许多了解邓禹的人都劝他投奔刘玄，一展宏图。邓禹见刘玄系平庸之辈，绿林军诸将都胸无大志，散漫放纵，常常衣冠不整，好像一群乌合之众，这样的皇帝和军队怎能安定天下呢?邓禹知道他们不会有什么大作为，于是没有答应。又有不少豪杰推荐邓禹做绿林军高官，邓禹执意不从。虽然邓禹认为刘秀是非常之人，昆阳之战刘秀以少胜多，击败王莽军队主力，使刘秀初露锋芒，足以说明邓禹的眼力，但是他没有投靠刘秀，因为刘秀当时在刘玄手下，受制于人，根本没有独立发展势力的可能，邓禹在等待机会。
更始元年(23)，刘玄的军队攻占洛阳，并以洛阳为都。刘玄派遣刘秀为破虏将军，行大司马事，受专封有权自行任免官吏，持节北渡黄河，到河北一带镇抚州郡，发展势力。刘秀只带了几百骑兵到黄河以北，受到当地官民爱戴。邓禹闻听刘秀安定河北，招集兵马，认为施展抱负的机会到了。于是他仗策北渡，日夜兼程，快马加鞭追赶刘秀。行了近千里，一直追到邺(今河北临漳)才赶上。
自从长安一别以后，邓禹与刘秀已是多年不见，久别重逢，二人都欣喜万分。在寒暄之后，刘秀对邓禹的到来感到意外，笑着对邓禹说： “我现在有权自行作主任命官职，你远道而来，难道是想做官吗?”邓禹摇摇头微笑着回答： “我不愿做官。”刘秀奇怪地问： “你不愿做官，何苦风尘仆仆，前来寻我?你到底想干什么呢?”邓禹面色庄重地回答： “只希望你的威信恩德，遍于四海，我能尽我微薄之力，使功名留传于史册，就心满意足了。”刘秀听了，发出会心一笑，就将邓禹留在军中，同宿谈心。
谈到军情，邓禹帮助刘秀分析形势，说道： “更始(刘玄)虽然定都洛阳，但现今东部地区尚未平定，赤眉、青犊这些军队，数以万计，长安附近的地方官吏，假藉名号，往往群聚。更始是个庸才，根本无法控制他们，而且他部下诸将都是无能之辈，他们的目的只在于掠夺钱财，滥施威力，以及寻欢作乐，更始的身边没有一个是深谋远虑、忠良明智之人，更谈不上安定四方了。如今天下分崩离析，形势的发展是可以预见的。您虽然建立了一定的功业，但辅佐更始这样一位皇帝，恐怕最终还是不会有什么建树。”刘秀听了，连连点头。邓禹接着又向刘秀提出建议： “中兴大业，不是一般人所能胜任的，您虽然是非凡之人，但终归受制于他人，难以施展远大抱负。依我之见，不如现在就作打算，广泛招揽英雄，尽力取悦民心，建立像汉高祖那样的功业，拯救万民生命。您的德才足以谋取天下。”刘秀听后非常高兴，于是命令部下称邓禹为邓将军，邓禹一直跟随刘秀左右，还常常留宿在刘秀帐中，参与制定策略，谋议军情，并一同北上真定(今河北正定)，后来到了广阳国的蓟县(今北京大兴)。
就在邓禹随同刘秀在黄河以北地区活动的时候，另一股势力占据了河北。赵国邯郸有一个叫王郎的占卜人，冒充刘汉宗室，自称是汉成帝的儿子刘子舆，聚集数千人，在邯郸称帝，并派人遍告各州郡，州郡官员和百姓信以为真，结果自赵国以北、辽河以西各郡，多半归附王郎。
当时邓禹随同刘秀在蓟县，刘秀致书上谷(治沮阳，今河北归来)、渔阳(治渔阳，今北京密云)两郡，征发援兵，准备与蓟县兵马汇合出击王郎。不料广阳国决定响应王郎，王郎还派人到蓟县，悬赏十万户，索拿刘秀，刘秀兵单将寡，无法继续留在蓟县，便带着邓禹等亲信将士，从南城门突出城外，星夜南驰。当时正值严冬，天寒风烈，一路上他们不敢进入广阳国的城邑。狂奔了几百里后，到了饶阳(今河北饶阳)的芜蒌亭，只有刘秀吃了点儿从民间讨来的豆粥，邓禹与众将饥肠辘辘，无力再向前行。他们决定冒充王郎使者，进入饶阳驿站，请驿吏供些饮食。众人实在是饿极了，当驿吏送来食物时，个个狼吞虎咽，引起驿吏的怀疑。驿吏到外面槌鼓数十下，谎称邯郸将军到了，众人都大惊失色。刘秀要跳上车子逃跑，转念一想这样做无疑暴露了自己，便急中生智，慢慢地坐下，从容地对驿吏说： “请邯郸将军入见!”驿吏含混对答，刘秀心中明白是驿吏使诈。休息了一会儿，刘秀故意说： “邯郸将军可能在路上逗留，我们不便再等了。”邓禹等人也随声应和，总算度过了这一关。他们不敢久停，又昼夜兼行，一路上披霜挂雪，手脸都冻破了，面无人色。尽管如此，邓禹跟随刘秀的心始终不变。
邓禹随刘秀一行又到了下曲阳(今河北晋县)，闻听邯郸的追兵已经追来，众人只得急渡滹沱河，以摆脱追兵。刘秀派去探河的人回来说，滹沱河没完全结冻，又无船可渡，众人听了很惊慌。刘秀又派王霸再去探视，王霸来到河岸，只见河中间漂浮着几只冰块，北风呼叫，冰块逐渐聚合。王霸心想追兵就在后面，生死总须一渡，如果回去说依然过不了河，恐怕众人会更慌乱，不如说谎，将他们叫到河边，再做打算。等到刘秀他们赶到河边，由于天气寒冷，河已封冻，众人安然过了滹沱河，后来王霸将此事告诉了邓禹，邓禹不禁暗自惊奇，心里说： 真是天助明公。
过河后，又遇上大雨，浑身湿透，加上北风一吹，身上都结成了冰。他们又冷又累，见道旁有一间空房子，就进去躲避。房中不仅有柴禾，还有主人剩下的一些小麦，邓禹就叫冯异和他一起动手做饭，一个点火，一个抱柴，又将众人的湿衣放在灶上烘干。饭做好后，先给刘秀盛了一碗，而做饭的邓禹没吃上半饱，刘秀对这位比自己小8岁、跟自己共患难的同窗好友既感激又欣慰。
后来邓禹随刘秀到达没有归附王郎的信都郡(治信都，今河北冀县)，得到太守任光的拥护，和成(治下曲阳，今河北晋县西北)太守邳彤也来到信都归附刘秀。为了击败王郎，刘秀派邓禹征发各郡国的“奔命”军(古时候郡国所设置的特殊军队，若有急难，派遣其骁勇者闻命奔赴，故称“奔命”)，得到几千兵马，由邓禹亲自率领，攻取乐阳(今河北真定、正定一带)。然后随刘秀一同攻打钜鹿(今河北平乡)，进抵广阿城(今河北隆平)。在广阿，刘秀住在城楼上。一天夜里，邓禹陪同刘秀翻阅地图，查看天下形势。刘秀见自己活动了半年，成就不大，便有些心急地指着地图对邓禹说： “天下郡国如此之多，到今天为止才得到其中的一个。你从前说过，以我的德才足可以平定天下，现在看来，谈何容易?”邓禹说： “如今国内纷乱，人们渴望能得到一个贤明的君主，如同儿子思念母亲一样。古时候兴盛起来而得天下的人，其成败全在于德之厚薄，而不是土地的大小。”有了邓禹的激励，刘秀顿时信心倍增。
更始二年四月，刘秀率邓禹及诸将已攻下了中山国、涿郡、钜鹿、清河等郡，接着进军邯郸，连战连捷，王郎被斩后，其在河北的势力顿遭瓦解。
这时，刘玄迁都长安，大封功臣，刘秀被封为萧王。刘玄见刘秀在河北一带势力日渐强大，心生疑忌，便派使者到河北，命令刘秀停止在河北的军事行动，让他西归长安。刘秀此时羽翼业已丰满，想坐观关中变化，他便以河北未平为由，拒绝还都。
王郎的势力虽然消除了，但在黄河以北尚有铜马、青犊、高湖、重连等近十支农民起义军的势力，每支起义军少则数万人，多的可达20万人。这年秋天，刘秀派邓禹与大将盖延一同率军到清阳(今河南中牟)去进攻农民起义军的一支——铜马兵。盖延率军先到清阳，进攻受挫，撤兵固守城池，被铜马兵重重围困。邓禹率军赶到，经过激战，邓禹打败了铜马兵，活捉了铜马兵的大将。接着，邓禹与刘秀乘胜追击，追至蒲阳(今河北完县)与前来会合铜马兵的高湖、重连两支义军进行大战，接连获胜，数十万人投降刘秀，刘秀的军事实力大大增强，河北一带也大致平定。
二
当刘玄进入长安的时候，另一支农民起义队伍赤眉军仍在关东活动。赤眉起义领导人樊崇，在莒县起义之后，一直转战于泰山(治奉高，今山东泰安)、北海(治剧县，今山东昌乐)一带。这支军队的成员都是善良淳朴的农民，有着良好的纪律，在军事行动中除了口头约束以外，没有文书、旌旗、部曲、号令，军中地位最高者称“三老”，其次称“从事”，再次为“卒史”，都是西汉地方小吏称呼。为了同官府军队相区别，他们把眉毛涂成红色，从此有了赤眉军的称号。在刘玄定都洛阳时，樊崇率20多位部将接受了刘玄的列侯封号。后来由于刘玄排斥赤眉，樊崇又脱离了刘玄的领导，转战于河南一带，队伍发展到30多万人。
赤眉军远离家乡作战，部众有思乡情绪，常常欲往东归，军心有些涣散。樊崇认为部众回乡必散，不如西攻长安。更始三年六月，赤眉军在西进途中，从队伍里找到一个据说是朱虚侯刘璋的后裔、15岁的牧童刘盆子立为皇帝，以樊崇为御史大夫，徐宜为丞相，浩浩荡荡，挺进长安。
刘秀见赤眉军西攻长安，心中暗自高兴，长安是座孤城，他估计赤眉军一定会攻下，这样自己就可以乘隙吞并关中，刘秀预感到争夺天下的时机已到，要平定四方，首先要选定一个立足点，他决定以财物富实、北据太行山、南临黄河的河内郡(治怀县，今河南武陟)作为谋取天下的基地。然后他精心布置，决定首战关中。而刘秀自己正经营中原，必须将西征关中这项重任托付给一个有谋略，做事稳重，又能专任攻伐，独挡一面的人。他决定派遇事深沉、心胸广阔的邓禹率兵西征，封邓禹为前将军，持节西进，并调拨两万精兵由邓禹率领，让邓禹自己挑选可以跟他一起西征的大将。
邓禹自杖策北渡以后，一直跟随刘秀左右，此刻他见刘秀将西征重任交给自己，深感刘秀对自己的器重和信任。他挑选了冯愔、宗歆、邓寻、耿䜣、左于、樊崇(与赤眉领袖樊崇重名)等几位大将，以李文、李春、程虑为祭酒，拜韩歆为军师，决心不负刘秀重望，平定关中。
邓禹部署完毕，向刘秀辞行，刘秀依依不舍地对邓禹说：“将军此行，不知何日归还?你走以后，我的身边就少了一个出谋划策的人。刘玄虽然在关中，但他的部将朱鲔、李轶尚据守洛阳，将军西行，我又要去安定北方，朱、李二人必然来进攻河内，如今此地刚刚安定，不能不派人留守，究竟该留谁，还望将军指教。”当时刘秀凡任命、委派各位将领，大都征求邓禹的意见。刘秀在广阿，要发兵幽州(辖今河北东部、辽宁)，不知派哪个大将好，就连夜召邓禹询问。邓禹说： “我曾多次和吴汉交谈，他有勇有谋，其他将领比不上他，莫如派他前往。”刘秀听从。邓禹每次所推荐的人都十分称职，所以刘秀认为邓禹是一个善于鉴别人才的人。邓禹常与寇恂谋划商议对敌之计，为寇恂的才能而震惊，便多次拿出牛肉好酒招待寇恂，待以重礼。这次听了刘秀的讯问，邓禹便对刘秀说：“过去高祖刘邦任用萧何守关中，不再有西顾之忧，所以能够集中精力平东方，终于成就了大业。现在河内有黄河环绕，地势险固，百姓富足。寇恂有足够的文才武略，有治民帅军的才能，足当此任。”刘秀点头称善，后来寇恂果然很出色地完成了留守大任。
更始三年正月，邓禹率两万大军开始西征。首先到达箕关(今河南济源西)，然后准备进入河东郡，河东都尉把住关口不开，邓禹连攻了十天，终于攻破，还缴获军用物资千余车。接着包围河东郡治所安邑(今山西夏县西北)，攻了几个月，没有攻下。这时刘玄闻听邓禹西征，连忙派大将军樊参前去抵挡。樊参率领数万军队进攻邓禹。邓禹派众将领在解县(今山西虞乡西)南面迎击，打败了樊参，将樊参斩首。
樊参惨败的消息传入长安，刘玄坐卧不宁，派定国上公王匡、襄邑王成丹、抗威将军刘均以及大将张卬等人，率兵十万，联合进攻邓禹。邓禹的军队与敌在安邑附近整整大战一天，但寡不敌众，作战失利，骁骑将军樊崇战死。战到傍晚，王匡收兵。军师韩歆和各将领见军势已受挫，都劝邓禹趁夜间撤军离去，邓禹没有听从。
第二天是癸亥日，王匡认为癸亥属于六甲凶日，怕带来恶运，整整一天没有出兵，这样给邓禹军队一个休整的机会。邓禹利用这一天更换、修整兵器，重新部署军队，并激励将士，鼓舞士气。第三天早晨，王匡派出全部军队进攻邓禹，邓禹见敌人来势凶猛，命令军队不得轻举妄动，等王匡军队到达营前，便传令诸将击鼓并进，士兵喊声冲天，杀向敌阵。王匡的军队被吓蒙了，顾不上打仗，掉头就往回跑。邓禹率兵乘胜杀敌，大败王匡的军队，王匡弃军逃走。邓禹又率轻骑急追，俘虏了刘均和河东太守杨宝。这一战，邓禹大获全胜，缴获了符节六只，官印绶五白，兵器不可胜数。邓禹将李文留在河东任太守，更换了所属各县的全部长官，以稳定和安抚地方，于是河东郡宣告平定。
建武元年(25)六月，邓禹在西部征讨之时，刘秀在鄗城(今河北柏乡)千秋亭前登基称帝，国号汉，改这年为建武元年，颁诏大赦，设置百官。邓禹拜大司徒。因邓禹在外作战，无法领受，刘秀就派使臣拿着符节和册封文书送至邓禹的大营，文书写道： “诏命前将军邓禹，信守忠孝，常与朕谋划军机，决胜千里，斩将破军，平定山西(崤山以西)，功勋卓著。今拜作司徒，派遣奉东都尉授与司徒印绶，封为侯，食邑万户。”邓禹跪拜领授，当时他只有24岁。
这年秋天，邓禹率军渡过汾阴河，进入夏阳(今陕西韩城)。刘玄派中郎将左辅都尉公乘歙，率十万军队和左冯翊(治高陵，今陕西高陵)的地方部队共同在衙县(今陕西白水)抵御，邓禹再次打败刘玄的军队。
就在邓禹西进关中的时候，赤眉30万大军已到了华阴(今陕西华阴)，逼近长安。被邓禹打败的王匡、张卬等人逃回长安，他们对众将说： “河东已失，赤眉也近在华阳，旦暮且至。长安是座孤城，恐怕难以守住，我们不如掠城中财富，东归南阳，如若不成，就退入湖池做盗贼。”众将一起入宫劝说刘玄。刘玄没有答应，而是派王匡去阻击赤眉军。张卬等人不满，准备劫持刘玄。刘玄闻讯，对他们抢先下手。这样，王匡、张卬与刘玄反目，在长安展开厮杀。赤眉军乘刘玄政权内讧之机，向西推进至高陵(今陕西高陵)，王匡率军投降了赤眉军，一起攻入长安，刘玄投降，后被缢死。
赤眉军又接连攻占三辅(京兆尹、左冯翊、右扶风)许多地区，这时，社会上劫掠现象不断发生，百姓惧怕战争，不知逃往何处为好。听说汉将邓禹扫平河东、渡河西进，关中的百姓都奔走相告，又听说邓禹的军队军纪严明，不犯秋毫，于是互相扶老携幼，迎接邓禹军队。邓禹在每次停留的地方都驻车插节，招抚慰劳百姓，有时还停车询问他们的情况。从白发苍苍的老人到未及束发年龄的幼童，都竞相拥挤在邓禹的车下，无不感激，人们仿佛重新看到了大汉的威严，欢声载道，喜气盈衢。于是邓禹之名威震关中。刘秀对邓禹的举动和措施大为赞赏，多次赐书褒扬他。
三
邓禹得到了关中一带百姓的拥护和爱戴，每天前来归附的人数常以千计，不久人众已号称百万。在这种形势下，诸位将领和关中豪杰都劝邓禹直接进攻长安。但邓禹没有被眼前的胜利冲昏头脑，他仔细分析形势： 将士一路征战，已经疲乏，而且前无粮草供应，后无物资输送，而赤眉军刚刚攻取长安，财富充实，军队士气锐不可当，因而不宜立刻进攻长安，便对部下说： “虽然我军现在人数众多，但能够打仗的很少，一旦大军深入，被赤眉包围，便后无退路。而我军粮草匮乏，不耐久战，赤眉虽然现在居守长安，但他们没有长远打算，粮草再多，终有耗尽的那一天。上郡(治肤施，今陕西绥德)、北地(治富平，今宁夏吴忠)、安定(治高原，今甘肃固原)，地广人稀，粮多，牲畜也多，我们暂时去北方休整军队，靠近产粮地区，就粮养士，察看赤眉薄弱环节，然后设法攻取长安。”众将听后，连连点头。于是邓禹率军一路北上，沿途所经过的地区，各郡县官吏打开城门迎接。后来到达距长安200里的栒邑(今陕西旬邑)，西河(治离石，今山西离县)太守宗育派儿子捧着邓禹晓谕各地的文书，前来归降，邓禹便派这对父子二人到洛阳去做官。
赤眉军闻听邓禹北驻栒邑，便派兵尾追围剿，兵士之多，号称百万。邓禹立足未稳，栒邑城又无坚可守，就准备继续北上，引兵进入一个坚城，再对付赤眉。邓禹手下众将畏惧赤眉军，都害怕被派在后面。邓禹不忍心下死令，就用抽签的办法决定。邓禹将众将姓名写在竹签上，将签放在竹筒里，然后按序抽签。这时有一个叫张宗的大将不肯，他是在邓禹平定河东时归附的，此人多有权谋，被邓禹上表为偏将军。他对邓禹说： “生死由命，我不能辞难就逸!”邓禹怜爱地望着他，叹息说： “你有亲人在营中，难道你不顾他们了吗?”张宗说：“我听说一卒毕力，百人难挡; 万夫拼死，可以横行。我有兵士数千人，凭借将军您的威望，还怕什么呢?”于是张宗自愿留在最后。当邓禹率军到达另一座城邑，布置好兵力时，对众将说： “以张将军之众，抵挡百万之师，好比以一片雪花投入沸汤，即使倾尽全力，也难守城。”邓禹又派了二千骑兵，配合张宗，里外夹击，击退了赤眉军的进攻。
建武元年十月，刘秀击败了刘玄手下的两个大将李轶和朱鲔，占领洛阳，并以洛阳为都。刘秀见关中还没平定，而邓禹又久不进兵，不免心焦，下诏命说： “司徒德如唐尧，亡贼残似夏桀。长安的官吏和百姓因无所归依而惶惶不安，最好趁这时进兵讨贼，安定、抚慰西京，以此稳定百姓之心。”邓禹仍然坚持自己就粮养士的意见，分别派遣将士攻取上郡各县，征兵募粮，然后移驻大要(今甘肃宁县东南)。
邓禹派部将冯愔、宗歆驻守栒邑。冯愔是积弩将军，宗歆为车骑将军，二人地位相等，都不肯服从对方，最终反目成敌，为争权而互相进攻。冯愔杀掉了宗歆，又领兵攻打驻守大要的邓禹。邓禹对自己精心选中的部下的背叛行为痛心疾首，他想如果回击冯愔，势必损耗内部力量，若是被赤眉军知道，又要乘隙进攻，他想来想去，不知所终，就派使者将这件事汇报给刘秀。刘秀问使者： “与冯愔最要好的人是谁?”使者回答说： “护军黄防。”刘秀估计冯愔和黄防不会合作长久，冯愔还会制造矛盾，于是对使者说： “你可回报大司徒，不必担忧，将来拘捕冯愔的人，必是黄防。”刘秀又派遣尚书宗广持节到邓禹军中，让邓禹招降黄防。后来过了一个多月，黄防果然捆绑着冯愔，带着他的军队前来请罪。已投降赤眉军的王匡、成丹又来投靠邓禹，邓禹让他们和宗广一起东归。到达安邑时，王匡又想在半路上逃跑，被宗广杀掉，冯愔则被押解到洛阳。
不久，刘秀再次督促邓禹攻取长安。当时邓禹尚有后顾之忧。一是自冯愔在栒邑反叛之后，军威已损，二是关中地区除了赤眉军以外，西部还有扶风(治槐里，今陕西兴平)人窦融自号为大将军，统领河西五郡，安定人卢芳假称是汉武帝的曾孙，自称西平王，占据安定。这些割据势力虽然盘踞在西部，但无不窥视长安。因此邓禹一直徘徊在黄河以北，始终没有南行。在长安西部天水(今甘肃天水)，隗嚣自称西州上将军，招揽各地豪杰，势力比较强大，他曾一度归附刘玄。冯愔反叛时，西去天水，隗嚣打败了冯愔。邓禹闻听隗嚣名震西州，便派使臣持节封隗嚣为西州大将军，专管凉州(治陇县，今甘肃张家川)、朔方(治临戎，今内蒙杭锦旗)事宜，隗嚣领受，并答应在西部阻击赤眉，邓禹这才放心南下。
赤眉军在攻占长安以后，只是一昧地搜索珍宝、焚烧宫室，甚至杀掠百姓，毫无政治谋略。不久，长安的粮食吃光，百万大军陷入困境。恰在此时，传来邓禹要攻长安的消息，赤眉军不得不在焚烧宫室、挖掘园陵后撤出长安，西去安定、北地一带。
建武二年(26)正月，邓禹兵至长安城下，这时赤眉军已西走扶风，邓禹的军队毫不费力地长驱直入，驻军在昆明池。至此，邓禹出征历时整整一年，拥兵进入长安。
在长安，邓禹先是犒劳将士，然后率诸将领沐浴更衣，斋戒了几天，选择良辰吉日，拜谒、祭祀高庙，收集西汉11个皇帝的神主，派使者奉至洛阳。他还巡行察看了西汉各皇帝的园陵，并设置了官吏奉祀看守。邓禹又按着刘秀的旨意，为被赤眉军勒死的刘玄重新安葬，葬在汉文帝的陵墓霸陵园内。
建武二年春，刘秀派遣使者更封邓禹为梁侯，加封食邑四县，并赐策文。文称：
在上不骄，高而不危;
制节谨度，满而不溢。
敬之戒之，传尔子孙，长为汉藩!
四
在长安东南，有一个自称武安王的骁勇善战的南阳人延岑，率众据守在汉宣帝墓所杜陵一带。在各地豪杰纷涌四起时，延岑起兵汉中，打败了汉中王刘嘉，称雄子境。刘嘉向正在长安的刘玄请求援助，刘玄便派大将李宝与刘嘉合击延岑，延岑寡不敌众，由汉中北出散关(今陕西宝鸡南)，在陈仓(今陕西宝鸡)附近，被追来的刘嘉击溃，延岑收拾余部来到杜陵。
邓禹稳定长安后，派兵攻打延岑，两军战于蓝田(今陕西蓝田)，邓禹的军队没能取胜，退回长安。由于长安已十室九空，邓禹军中粮草供应出现困难。这时在云阳(今西安附近)的刘嘉前来归附，邓禹就以云阳为物资供应基地，镇守长安。刘嘉营中的李宝见邓禹年轻，就常常对邓禹傲慢无礼，邓禹将其斩杀。李宝的弟弟招集了李宝的部下，倒戈进攻邓禹，邓禹派心腹将领耿䜣迎战，耿䜣战败身死。由于粮草供应不足，军队作战力大大减弱，加上冯愔反叛损害了军威，一些归附者渐渐离开了邓禹。
赤眉军离开长安，一路西行，想要到陇县境内。当时天降大雪，坑谷皆满，许多人被冻死，又遭隗器军队的迎头痛击，赤眉军不得已又折回东行。然而长安已被邓禹占领，赤眉军料定不易攻入，就在长安附近停了下来。为了寻求衣食，赤眉军挖帝王陵墓，在杜陵，与延岑又展开大战。
邓禹率军乘赤眉军疲敝、又与延岑作战之际，发起进攻。一直为衣食所困的赤眉军为了活命，奋勇冲杀，势不可挡，邓禹的军队伤亡惨重，兵败而归。在休整几日之后，邓禹亲自率军离开长安征讨赤眉。行至云阳时，接到长安警报，赤眉军乘虚进攻，长安已经失守。邓禹得知赤眉精兵在外与延岑作战，就率军回去救长安。到了城下，被赶来的赤眉将领谢禄打败。邓禹无处可归，不得已前往高陵。邓禹军中随带的粮草，本来就有限，渐渐吃光，饥饿的军卒只得挖野菜充饥。面临困境的邓禹，急报洛阳，请求接济。刘秀考虑到邓禹出征已经一年多，手下六员大将，两个战死，一个被杀、一个被押回洛阳，而将士转战于河东、关中一带，遇到的都是劲敌，现在已经疲乏不堪，不能再战下去了。于是刘秀决定召回邓禹，改派冯异。下诏给邓禹： “赤眉无粮，自然东归，我另派军队以饱待饥，以逸待劳，伺机围攻，你不必担忧，可速归。”
这时关中地区饥荒严重，白骨蔽野，出现了人食人的惨象，20多万赤眉军无法在此停留下去。建武二年十二月，如同刘秀预料的那样，赤眉军因粮食奇缺放弃长安东归。邓禹对于刘秀委以重任而未能平定关中，心里一直惭愧不安。接到诏命后，一面东归，一面鼓励士兵，寻找机会再战赤眉。建武三年正月，邓禹率饥疲之师北渡黄河，在湖县(今属陕西)进攻赤眉，兵败。归途中又战了几次，邓禹都以失败而告终。
同月，东归的邓禹与前来接替的征西大将军冯异相遇。邓禹想要和冯异联攻赤眉。冯异说： “我与贼军相抗60余天，战了数十次，虽然俘获一些贼将，但余众尚多，我们可以推示恩信，加以引诱，顽抗之敌再用兵攻破。而且皇上已派诸将分驻渑池(今河南渑池)，让我在西侧攻击，不用多时，就可以一举歼灭，这是万全之计。您还是奉旨东还，贼众交给我荡平就是了。”邓禹听了这话，心中很不是滋味，他一直愧于无功，求功心切，便不听冯异劝说，派大将邓弘与赤眉交战。
赤眉军在与邓弘激战时，见邓弘的士兵都面有饥色，便扔下大批辎重，假装败退。临撤时，他们在扔下的车子里装满土，上面洒一层豆子盖上。邓弘不知是计，引兵去追。饥饿的士兵见到豆子，争相去抢食，队伍顿时大乱。赤眉军又翻身杀回，邓弘军队溃败。邓禹和冯异一同去救援，战了多时，才杀退赤眉军。冯异见士兵多半饥疲，就劝邓禹说： “赤眉虽然后退，但并非真败，我军已经饥倦，应该暂行休息。”邓禹求胜心切，仍然没有听从，径自率军急进，冯异只得跟在后面。追了好长时间，当追至回溪(今河南洛宁境内)，赶上了邓禹的军队。一路上，他们根本没有见到赤眉军的影子，正在疑惑间，只见赤眉军从四面八方涌来，包围了邓禹、冯异，更多的赤眉军杀向阵营，将邓禹、冯异的军队截成数段，邓禹的军队本来战斗力就已削弱，又见赤眉来势汹涌，无心迎战，各自寻路逃跑，来不及逃的死于乱军之中，伤亡多达三千余人。邓禹知道此战必败无疑，便乘乱率领骑兵24人杀开一条血路，奔向宜阳(今河南宜阳)。
建武三年正月底，在外征杀整整两年的邓禹面带愧色回到京师洛阳。刘秀好好安慰了一番，邓禹自愧无功，交上大司徒及梁侯印绶，刘秀又将梁侯印绶送还邓禹。数月后，征拜邓禹为右将军。
延岑在关中据守杜陵、蓝田，被冯异击败。他又率众东行，回到家乡南阳，占据了数县，然后北上欲进攻洛阳，在东阳(今郑州南)被打败。延岑又与自称楚黎王的秦丰联合起来对抗汉军。建武四年春，延岑又攻占顺阳(今属河南)一带。刘秀派遣邓禹率邓晔、于匡围剿延岑，在郑县(今河南郑州)，邓禹击溃了延岑主力，又乘胜追击，追至武当山，再次打败延岑，延岑只率少数亲兵逃往汉中，其余都投降邓禹。邓禹凯旋班师回朝，心中总算有些安慰。
五
建武十三年(37)，自王莽后期就纷乱的天下终于被刘秀平定。为了表彰南征北战、东击西讨、佐定江山的有功之人，刘秀大封功臣，并增加分封的户邑。邓禹被封为高密侯，食邑高密(今山东高密西南)、昌安(今山东安丘东南)、夷安(今山东高密)、淳于(今山东安丘东北)4县。由于邓禹杖策定谋、选贤良材、军功卓著被列为中兴元勋。这时的邓禹位极人臣，功成名就，但是他没有因此而恃功居傲。邓禹知道，经过多年征战，刘秀已厌倦兵事，更不愿让这些功臣拥众京师，高居官位。如今天下已经平定，不再用兵，邓禹就主动辞去右将军职位，将兵权交出。而刘秀也一反高祖以功臣任相执政的办法，不给功臣实权实职，只给予封侯及优厚待遇。邓禹为人仁厚、淳朴，深得刘秀敬重，对邓禹施以隆恩，赐位特进，常召入宫中参议国家大事，这是功臣中少有的殊荣。邓禹鉴于“狡兔死，走狗烹; 高鸟尽，良弓藏; 敌国破，谋臣亡。”以及西汉初年刘邦杀戮功臣的历史教训，他常居安思危，自我克抑。为不使自身名势太盛，以致权高镇主，他退避名位，远避权势，在府中悉心读儒学经书，家中的一切用度都取之于封地，从不经营田产和财利。
后来，刘秀在一次朝宴时，大会功臣，问他们： “你们如果没有遇到我，爵位会不会像今天这样高? 想过会做些什么吗?”邓禹谦逊地回答说： “我在少年时代曾读书，可以当州郡的文学博士。”刘秀笑笑对其他人说道： “他未免太谦虚了。”正因为邓禹的谦逊，或者说是明哲保身，才赢得了刘秀的信赖和欢心，使刘秀更加敬重他。中元元年(56)，邓禹以特进出任代理大司徒之职。二月，跟随刘秀到东方巡视，在泰山筑台祭天。
邓禹为避名位，深居简出，在家侍奉母亲，十分孝顺。邓禹还悉心教养子孙，整饬家规。邓禹共有子13人，他不愿让子孙躺在自己的功劳簿上，坐享其成，他让13个儿子各自学成一种安身立命的本领，并且教育子孙后代，男儿必须读书，女子则操作家事，邓禹的这些做法被后世的士大夫认作可以效行的榜样。邓禹的子孙后代在东汉累世贵宠，凡侯者29人，公2人，大将军以下13人，中二千石14人，列校22人，州牧、郡守48人，其余像任侍中、将、大夫、郎等官职则不可胜数。其中有二人是汉明帝刘庄的乘龙快婿。一人是安帝妹婿。此外还有两位皇后，邓禹的孙女邓绥是汉和帝皇后，在安帝时以太后身份临朝执政16年，由于邓禹家规严谨，邓绥对自己家族管束严格，邓氏外戚向来谨慎，远避权柄，是东汉几个得势的外戚集团中表现比较好的一个，不能不说与邓禹的家规有关。邓禹的第六子邓训是诸子中比较突出的一个，邓训严守家风，诸兄弟没有不敬畏他的。他曾镇守西北边疆，对羌、乌桓恩威兼施，受到爱戴，羌人得知邓训病逝，都说： “邓使君已死，我等也死了。”乌桓人为邓训立祠，每遇病灾，则拜祠求福。邓禹诸子恪守家规，遵章守制，学有所成，是诸侯子孙中的佼佼者，实属邓禹教养有方。
中元二年(57)，刘秀的儿子刘庄继位，因邓禹是刘秀时代的元功之首，封为太傅，位上公，倍受尊重与宠信。其他大臣朝见天子时都面向北，而刘庄对邓禹则尊如宾客，让他面向东站立，不需行君臣大礼。任职一年多，邓禹就卧病在家，刘庄几次亲自到邓禹家中慰问，任命邓禹的两个儿子做郎官。永平元年(58)五月，57岁的邓禹病逝，谥曰元侯。邓禹封地分为三国，长子袭封高密侯，次子封昌安侯，三子封夷安侯。