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第一次鸦片战争以后，以英国为首的西方列强通过不平等条约中的协定关税条款，破坏了中国的关税自主权。但英国殖民主义者并不以此为满足，进入19世纪50年代以后，又图谋掠取中国海关行政管理权。他们以清政府海关官吏腐败为口实，谋求“整顿”中国海关。1853年(清咸丰三年) 9月，刘丽川领导上海小刀会起义，捣毁上海海关。清政府海关官员逃避一空，外国军队趁机占领了上海海关。9月9日，英国驻上海领事阿礼国征得美国公使马沙利同意后，在上海海关实行了“领事代征”制度，即由英、美领事代中国海关向英、美商人征税，税款则由领事保管。由阿礼国发起实行的“领事代征制”貌似公正，实际上却是深具用心的。其用心在于：第一，列强可以借此一举控制上海海关并染指其它海关;第二，领事代征之税款名义上是属于清政府的，这就使各国领事可以以此为借口，反对清政府可能采取的于外国商人不利的补救措施。比如，清政府可以在通往上海的交通要道设关向经营进出口贸易的中国商人征税，这些关卡可以设在上海之外，不受不平等条约所规定的低税率的约束，各国领事又鞭长莫及，因而于外国商人非常不利;而实行了“领事代征制”，外国领事便有了反对的口实。
上海海关瘫痪以后，亟需大笔军费的清政府力图恢复。10月，苏松太道兼海关监督吴健彰回到上海，清政府要求他重新管理上海海关，并要求收回以前欠税。阿礼国借口“租界中立”而予以拒绝。但美公使马沙利与阿礼国发生分歧，他同意于自10月24日起取消领事代征制。26日，吴健彰将买来的两艘外国船停靠在黄浦江边作为临时海关，开始征税。但英、法、葡、荷等国领事拒不承认，各国商人也不缴税。几天以后，英、法兵舰各自寻找了借口，把吴健彰的船赶跑了。1854年1月，美国公开退出了领事代征制，美国商人也不再缴税。阿礼国见计划无法继续实行，便在与美、法领事协商以后，同意从2月9日承认吴健彰在苏州河北岸重设上海海关。但吴健彰重新设立的上海海关根本征不到税。外国商人先是公然拒绝缴税，后来也仅只同意出具一张保证书，声明若其他国家商人纳税，他们以后便会补缴，然后便开船出口。这样，吴健彰恢复征税的努力再次彻底失败。吴健彰于是在通往上海的要口设关，向输往上海的丝茶征税。这一做法立即引起了上海各国领事的一致反对。
5月1日，英、美、法三国领事联合照会吴健彰，指责他的做法违反了条约。同时，阿礼国又向吴健彰提出，若将海关行政置于英、美、法控制之下，清政府便可以征收到税款;若清政府同意这样做，英国便会将“领事代征制”时期所征收的税款交还清政府。清政府迫切需要上海海关的大宗税款以镇压太平军，便表示同意。1854的6月29日，英、法、美三国领事与吴健彰订立了《上海海关协定》。
该协定共9款，其大略为：海关引用外国人任监督的助手，“授与权柄，俾资改良一切”;英、法、美三国领事各派一人组成关税管理委员会，各级中外属员由委员会选用;船舶进口仍由领事报关;海关购置武装缉私船一艘，由外国人任船长等等。7月12日，关税管理委员会成立，英国领事指派副领事威妥玛、美国派出武官卡尔、法国派出领事馆翻译斯密司出任税务司。从此，上海海关便完全为外国所控制。而英、美应允交还的欠税，英国却借口清政府没有尽到保护上海英商的责任，故将总共40余万两税款一笔勾销;美国则以代征手续费等等名目，将总计30余万两税款七扣八扣，又拖延了2年，才交还了7万余两。