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1860年(清咸丰十年)中法《北京条约》的签订，使法国传教士得以援“传教士可到内地活动”的条款进入中国内地活动。四川东部土家族及苗族等少数民族聚居的酉阳州，就是法国传教士进入中国内地活动最早的地区之一。
1862年(清同治元年)，法国教士邓司铎到达酉阳州，并在城外小摇坝修建了“公信堂”。他打着传教的旗号，收罗痞匪，设置教民武装，强征租税，胡作非为。后来，法国教士李国(又名李国安)来到酉阳州，继续组织痞匪武装，横行乡里，谋财害命。当地忠厚居民何大发因拒绝强迫入教而身遭毒打，又被迫杀猪纳款，赴教堂请罪赔礼。嗣后，在李国的纵容唆使下，痞匪刘明剑率教民数十人竟血洗何家，杀死何大发之父等20余人，并将何大发之妻轮奸致死。事件发生后，何大发到县衙控告教士、教民的暴行，但这些歹徒却在法国教堂的庇护下逍遥法外，地方官府无奈其何，以致民、教纠纷日积，民众愤懑难平。
1865年2月27日，酉阳四乡民众在农民刘胜超的率领下，一举捣毁“公信堂”;酉阳城内民众也群起响应，一举捣毁境内教堂，举旗持械游行街内。8月29日，法国传教士玛弼乐与当地土家族头人冉从之发生口角，洋教士的盛气凌人激怒了当地民众，致使双方发生斗殴，玛弼乐被殴毙于城隍庙，是为第一次酉阳教案。
教案发生后，法国驻华公使柏尔德密一方面于10月16日照会清廷总理衙门，强令速办酉阳教案，另一方面则扬言要派兵入川平息教案。清政府十分惧此，急忙将当地的知府、知州撤办，又将刘胜超、冉从之等予以逮捕，并将冉从之杀害，将其余人则或刺配充军，或久禁监狱。1867年6月，地方官在血腥镇压当地民众后，又与教会订约，赔偿白银8万两，酉阳知州胡圻还多次亲赴教堂赔礼道歉。
第一次酉阳教案的屈辱了结，使法国传教士更加有恃无恐，故其横行霸道、鱼肉乡民的暴行越来越多，因而事隔4年后，终于导致了第二次酉阳人民反教怒火的爆发。
1868年(清同治七年) 12月，酉阳城入教的无赖痞匪龙秀元逼勒朱永泰退婚，并率教民多人闯入朱家抢掠财产，焚毁房屋，这激起了公愤;另有民团骨干何彩之母曾遭教士毒打，并被教士、教民轮奸致死，这使得民团中久蓄打教呼声，由是酉阳州民团的团民乃聚众而起，于1869年1月2日焚毁了火石垭教堂，继而捣毁并焚烧了城内的天主教大教堂，躲在堂内的教士李国亦葬身火海。酉阳各乡民众及毗邻的贵州民众闻讯亦纷纷赶来参加，故声势浩大，聚众达万人之多，先后又焚毁毛坝教堂，捕杀作恶多端的教民多人，是为第二次酉阳教案。
事件发生后，法国署理公使罗淑亚于2月28日即向清廷总理衙门提出派员会同法国所派人员赴酉阳处理教案，总理衙门以该州土民强悍，恐酿成意外之变而予以拒绝。3月3日，罗淑亚派出翻译官赴总理衙门，声言若不允诺派员办案，就须按其所提出的四项条件处理，并限6日前了结。此四项条件即：将该案首要人犯必须在犯事当地发落;其余人犯发遣离境;赔补教堂及教民所失之物;在川东主教所管教务之处张贴和约条款。3月12日，罗淑亚又向总理衙门提出派钦差赴酉阳办案、将酉阳积惯作恶之民立予发遣、照失单赔补教堂损失财物、张贴和约条款等五项要求，扬言如不照要求办理，即行回国，然后由法国水师提督自行主张，诉诸武力，言罢便悻悻而去。
清政府统治者惧怕洋人的武力威胁，慌忙将酉阳知州胡圻撤差，改派田秀栗接任州牧，并饬命其率兵前往弹压。3月20日，又命成都将军崇实、四川总督吴棠迅速了结酉阳教案。在清政府强力胁迫下，酉阳民团被迫散众缴械。然而教士与教民却纠党报复。3月25日，纸房溪教堂的法国教士覃辅臣等纠集教民，在当地施暴虐杀平民18人，焚屋10余处;4月20日，他又纠集教会武装再次进行报复，杀死平民100余人，焚房100余间，并穷凶极恶地支解秦心元、魏三元等6名百姓的肢体，将平民黄老万灌油点燃活活烧毙，一时间酉阳城内尸身狼藉，火海一片，其状惨不忍睹。9月25日，酉阳州绅民忍无可忍，乃联名呈奉公禀，历数洋教士残民暴行，要求清政府为民伸冤。10月23日，清政府派李鸿章到成都查办酉阳教案。11月2日，法国公使罗淑亚再次向总理衙门提出严重抗议，声称要带兵船入川，并于10日出京赴沪调集兵船。当李鸿章早已于12月9日抵达重庆着手查办酉阳教案之际，罗淑亚竟于12月23日仍率兵船4艘由沪溯江而上。在法国武力威胁下，李鸿章赶忙于1870年1月1日将酉阳教案的所谓主犯何彩等人押到重庆绞杀，并颁发告示，严禁人民有任何反教活动;29日，与罗淑亚在汉口进行交涉，答应支付白银3万两，以赔偿教堂、教民的损失。
酉阳教案虽然被清政府武力镇压下去了，但酉阳人民的英勇斗争精神，却使法国传教士大为胆颤心惊。古洛东《圣教入川纪》曾叙述当时“教士在酉(阳)、秀(山)、黔(江)等处所受之苦，风波之猛，致命之众，难以枚举”。事过若干年后，传教士们仍心有余悸。