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梁鸣海战
1591年，日本积极着手进行侵朝战争的各项准备。李舜臣在国家危难之时，承命于全罗左道水军节度使这一海军要职。李舜臣到职后，即竭尽全力加强海军建设，筹划对抗日本侵略战争的准备。
他着重整顿军队和改制武器装备。在整顿军队方面，他吸收了朝鲜海军的优良传统及外国的先进经验，对所属海军的战斗编队、战略战术、进行了改革；并加强了对部队的爱国主义教育，使指战员都成为忠于祖国、英勇善战的勇士。先进的武器是克敌制胜的重要因素。为了提高朝鲜海军的战斗力，李舜臣对朝鲜“龟船”进行改造。改进后的“龟船”长10余丈，宽1丈多，船身及上面的“龟壳”用硬木制作，包上铁板，敌人炮火不易伤害它。铁板上还装有密集的铁钉，使敌人在接舷战时无法攀登。船头有一个大龙头，上设两个炮眼，在行进中船内可焚烧硫磺等物，烟从龙口喷出，可以起到隐蔽自己，迷惑敌人的作用。船身四周凿有很多炮眼枪眼，便于士兵在船内敌人发射火力。同时，船的两侧各有10面船桨，战斗时一齐划动，航行飞快，进退自如。加大后的船体可多存淡水、粮食，适合长时间、远距离航行，经李舜臣改造后的龟船马上投入成批生产。
1592年4月，日本侵略者以陆军的优势兵力在朝鲜釜山登陆。同时，以强大的舰队配合陆军行动。李舜臣指挥朝鲜水师奋起抗击，屡挫日本海军，牢牢地控制着制海权，成功阻滞日本陆军的进攻速度。
5月上旬，李舜臣水师与日本海军在玉浦海面展开激战。在玉浦港的日本战船上的水兵，大多登岸对朝鲜村庄进行劫掠。李舜臣乘敌不备，率85艘舰船隐蔽疾驶，直扑玉浦港，击沉、烧毁敌舰26艘，当晚又击沉击毁敌舰18艘，朝鲜水师仅一人负伤。
从5月底到6月上旬，李舜臣又指挥了唐浦战役。
5月29日，李舜臣率领备龟船的23艘战舰，与元均指挥的水师会合，准备向泗川洋面的日军阵地发动进攻。到达预定地点时，李舜臣发现敌占据的地形险要，不利攻击，便随机应变，采取以退为进的战术，诱敌出港，准备在洋面上歼灭敌人。日本海军见朝鲜海军不战而退，误以为是胆怯，即全力追击。待敌追至对朝鲜水师有利的海域时，李舜臣出其不意地转退为进，以“龟船”充当先锋，冲入敌阵，左冲右撞，往来穿梭，同时发射各种火炮，将敌舰撞破或击沉。其它战船也不甘示弱，箭炮齐发，日本舰队大乱。经过一番激战，日军参与追击的全部舰船不是被击沉就是被缴获。
6月2日，李舜臣率舰队进攻唐浦敌军，令龟船冲向敌旗舰并将其撞破，同时纵火将在唐浦的21艘敌舰全部烧毁。
6月5日，李舜臣与李仁祺部，采取诱敌出洋，前后夹攻的战术，又烧毁敌舰26艘。
7月，朝鲜水师在闲山岛海战中击毁敌舰近百艘，一举歼灭敌日本海军主力。
1595年，闲山岛大捷后，日本海军屡战屡败，主力丧失殆尽。特别是丢掉制海权后，日军的陆上攻势因为缺乏补给而被迫减弱，在占领平壤后，日军停止了攻势。1593年，双方议和。李舜臣因为闲山岛等一系列战功，被朝鲜王封为二品正宪大夫、三道水军统制使。据说，“三道水军统制使”是朝鲜专为他而第一次设置的官职。日本为了除掉李舜臣，使用反间计诬陷李舜臣居功自傲，阴谋篡权。
1597年1月，小西行长用丰臣秀吉的计策，利用朝鲜的党派之争，派人在朝鲜都城散布谣言，陷害朝鲜水军名将李舜臣，朝鲜国王李昖中计将李舜臣下狱，幸亏一些爱国将领出面死保，李舜臣才得以免死，但被贬为士兵，白衣从军。得知反间计成功后，丰臣秀吉立刻于2月21日再度下令调动14万陆军和2万水军入侵朝鲜。从动员到集结共花费5个月时间，在7月集结完毕。
1597年3月，日本由小西行长、加藤清正率领14万陆军、万余海军以及战船数百艘，再次大举侵朝。
此次，丰臣秀吉的军队由水陆同时进犯朝鲜。
7月7日，日本水军统帅九鬼嘉隆决定一雪前耻，他率领庞大的日本舰队，偷袭了停泊在漆川岛的朝鲜海军。他考虑到日本安宅船不是朝鲜龟船的对手，所以，日本海军专门针对朝鲜海军的龟甲船做了改进，把原有的安宅船及大关船都临时包上铁壳，变成了巨型铁甲船。开战时，朝鲜海军以为日本的舰队是路过的运输舰队，没有料到日本舰队突然发起进攻，由于当时还在谈判期间，所以朝鲜海军没有丝毫戒备，在战役中朝鲜战船全被日本海军击沉击毁，海军指挥官三道水军都统制元均被火炮击中身亡，朝鲜水军被重创。
战后，日本水军配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，朝鲜水军几乎全军覆没，日海军完全控制了制海权。
日本陆军分为左路军和右路军。登陆后采取的是钳形攻势，两路军分别向南原和全州前进，根据计划，这两路军应在朝鲜都城会师。
8月1日，14000余日本左路军进攻全罗道，正赶上明军进驻全罗、忠清两道。明军杨元率3000人守卫南原，经奋勇战斗后因寡不敌众，明军2700余人战死，南原失守。驻守全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样日本右路军便兵不血刃的拿下了全州。攻下两地后，日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，王京汉城已经无险可守。
8月19日，明军除守卫稷山外全线退至汉城，日军已经占领了全罗道全部地区。
大敌当前，朝鲜举国上下一致强烈要求重新启用李舜臣。朝鲜王迫于形势，不得不顺应民心，重新任命李舜臣为三道水军统制使。可是这时，扬威海上的朝鲜水师只剩下12艘军舰。
李舜臣到任后，在全罗道右水营着手重建海军，8月28日，报国心切的李舜臣指挥一支规模很小的龟船海军，投入鸣梁海战。
在鸣梁和珍岛碧波亭之间，有一水流湍急的海峡。李舜臣乘退潮时派人设置了铁索与木桩。日本海军打败元均舰队后，企图在朝鲜水师重建之前将其彻底摧毁。9月16日，日军藤堂高虎率领333艘战船和2万陆军从兰浦出发，准备趁涨潮时进入鸣梁海峡，向朝鲜水军发起攻击。
战斗中，李舜臣将许多民船伪装成战船，排列在水营战船之后，迷惑敌人，自己亲自率领13艘龟船引诱敌人驶入鸣梁海峡。恶战之后，李舜臣率领船队击沉敌人指挥船和其他战船2艘。日军主将被击毙，阵形大乱。这时已开始退潮，海水湍湍东流，朝鲜战船趁势猛攻，敌船招架不住，顺流东撤，但被铁索和木桩挡住去路。朝鲜战船抓住有利战机，奋力冲杀，击沉敌船36艘，毙敌4000余人，重创了日本舰队。
鸣梁海战的胜利，不仅粉碎了日军的海上进攻，而且，使日本陆军不得不龟缩在南海岸的狭窄地带。